別表神社（べっぴょうじんじゃ）とは、神社本庁が定めた、神社本庁が包括している一部の神社の事。

昭和21年に神社の国家管理の廃止に伴い、近代社格制度が廃止されたため、それに代わるものとして昭和23年に定められた。社格制度廃止後は、すべての神社は対等の立場（伊勢神宮を除く）とされた。
しかし、旧の官国弊社や一部の規模の大きな神社については、神職の進退等に対して一般神社と同じ扱いをすると不具合があることから、「役職員進退に関する規定」において、特別な扱いをすることと定めている。その対象となる神社が、同規定の別表に記載されていることから、「別表に掲げる神社」＝「別表神社」と呼ばれる。

別表神社の人事面での特別な扱い

• 一定以上の基準に達すれば宮司の下に権宮司を置くことが認められる
• 宮司・権宮司は明階以上の階位を有する者でなければ任用されない（一般神社では権正階以上）
• 禰宜は正階以上の階位を有する者でなければ任用されない（一般神社では直階以上）
• 権禰宜は権正階以上の階位を有する者でなければ任用されない（一般神社では直階以上
• 宮司・権宮司の在任中の身分は特級、一級・二級上以外の者は二級とする）
• 宮司・権宮司の任免は各都道府県の神社庁長の委任事項としない（神社本庁統理の直接任免とする）

当初の別表神社は旧官国幣社のみであったが、昭和26年（1951年）に「別表に掲げる神社選定に関する件」という通達が出され、官国幣社以外で新たに別表神社に加える神社の選定基準が示された。それは以下のものである。

• 由緒
• 社殿・境内地などの神社に関する施設の状況
• 常勤の神職の数
• 最近3年間の経済状況
• 神社の活動状況
• 氏子崇敬者の数および分布状況

この規定により、旧府県社・内務大臣指定護国神社を中心に別表神社の数は次第に増加し、平成18年（2006年）現在で353社となっている。

別表神社は社格のような神社の格付けではなく、あくまでも神職の人事のみにかかわる区別である。しかし、別表に掲げられている神社は社殿、境内、神職の数などの面で比較的大きな規模の神社であり、一般には一種の格付けとして捉えられている。

なお、社格同様、伊勢神宮は別格として別表神社に入れられておらず、神宮大宮司は、「神宮規則」により、勅裁を得て任免するとされ、さらに特別の扱いがなされている。

茨城県内の別表神社

社名	所在地	備考
鹿島神宮	鹿嶋市	常陸国一宮
大洗磯前神社	大洗町
酒列磯前神社	ひたちなか市
常磐神社	水戸市
筑波山神社	つくば市
東照宮	水戸市
大杉神社	稲敷市
笠間稲荷神社	笠間市
茨城県護国神社	水戸市